本院為促進器官捐贈移植作業，於民國84年成立器官移植小組，並配合衛生署推展器官捐贈新政策，向財團法人器官捐贈移植登錄中心提報「器官勸募網絡勸募醫院計畫」，於93年8月成立「器官勸募中心」，組織器官勸募網絡，提昇器官捐贈率；97年7月為提昇器官移植醫療品質，升格為器官移植中心，並於107年7月正式編置於外科醫學發展中心項下，期望透過科際整合，提供病患更優質的醫療服務品質。組織架構如下圖
下圖為器官移植中心人事組織架構:
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